Tout ce qu'il faut savoir
La réforme de la facturation électronique obligatoire frappe à la porte des cabinets médicaux, cliniques dentaires et autres professionnels de santé libéraux. Contrairement aux PME qui avaient des délais progressifs, les professionnels de santé qui facturent des tiers sont soumis à des obligations spécifiques et à un calendrier unique.
Cet article explique exactement qui est concerné, quand, et comment préparer votre cabinet ou cabinet para-médical à cette transition obligatoire.
Qui est concerné par la facturation électronique ?
Les professionnels libéraux de santé concernés
Êtes-vous un professionnel de santé assujetti à la TVA ? Alors vous êtes concerné. Cela inclut :
- Kinésithérapeutes (notamment pour les actes hors-nomenclature, mutuelles, complémentaires)
- Ostéopathes (quasi-systématiquement, car TVA appliquée)
- Dentistes (dépassements tarifaires, frais annexes)
- Pédicures-podologues (actes non remboursés)
- Infirmiers libéraux (uniquement pour actes privés hors CPAM)
- Psychologues (si TVA choisie ; certains sont exonérés)
- Médecins généralistes et spécialistes (dépassements, consultations privées)
- Orthophonistes, ergothérapeutes (actes non remboursés, forfaits)
- Dentistes et chirurgiens-dentistes (dépassements tarifaires)
Les professionnels exonérés ou partiellement concernés
- Médecins, kinés, infirmiers : exonérés de TVA sur les actes CPAM remboursés ✅ (sauf obligations de reporting)
- Professionnels optant pour TVA : alors tout est concerné
- Consultations purement privées : si aucun reporting administratif
Cas spécial : actes CPAM vs actes hors nomenclature
C’est ici que ça devient compliqué pour les professionnels de santé. La facturation électronique ne s’applique pas de la même façon selon le type d’acte.
Actes CPAM remboursables = B2C administratif
Quand vous facturez un acte CPAM (kinésithérapie de rééducation, consultation médicale couverte, etc.), vous factigurez techniquement :
- En B2C (de professionnel à « final consumer »)
- La CPAM reçoit un e-reporting de TVA (pas une facture électronique)
- Vous n’avez pas besoin d’envoyer une facture Factur-X à la CPAM
Obligations :
- Rapportage TVA mensuel à l’administration (via e-reporting, géré par Secu-Santé)
- Documentation comptable (facture ou bulletin de soins)
Actes hors-nomenclature ou privés = B2B potentiel
Dès que vous facturez :
- Un dépassement tarifaire à une mutuelle ou assurance
- Une consultation privée à un entreprise (bilan de santé d’employés, consultations en SPA, etc.)
- Une prestation paramédicale à un cabinet groupe, clinique, EHPAD, centre de bien-être
- Des actes non remboursés facturés directement à un tiers (ex: ostéopathie à une assurance entreprise)
Alors : c’est du B2B, et la facturation électronique Factur-X devient obligatoire.
Le calendrier pour les professionnels de santé
Contrairement aux PME qui bénéficient de délais étagés jusqu’en 2027, les professionnels de santé en libéral ont un calendrier unique et précis.
Phase 1 : Réception obligatoire (septembre 2026)
À partir du 1er septembre 2026, vous devez être capable de recevoir des factures électroniques Factur-X de :
- Fournisseurs de fournitures médicales
- Laboratoires d’analyses
- Fabricants de matériel
- Prestataires de services (nettoyage, maintenance)
Obligation de recevoir ≠ obligation de traiter immédiatement, mais vous devez les accepter dans votre système comptable.
Phase 2 : Émission obligatoire (septembre 2027)
À partir du 1er septembre 2027, vous devez émettre des factures électroniques Factur-X pour toute facturation B2B :
- Dépassements tarifaires aux mutuelles et assurances
- Actes privés à des structures (cliniques, EHPAD, entreprises)
- Consultations ou prestations facturées à des tiers assujetis à la TVA
Cas CPAM et e-reporting
E-reporting TVA (obligatoire depuis janvier 2025) :
- Vous rapportez les données d’actes CPAM directement à l’administration via Secu-Santé
- Ceci ne remplace pas une facture électronique Factur-X
- C’est un reporting administratif séparé, géré généralement par votre logiciel de caisse ou cabinetologie
Comment se préparer concrètement ?
Étape 1 : Auditer votre situation
Posez-vous ces questions simples :
- Suis-je assujettu à la TVA ?
- Oui → vous êtes concerné (au moins partiellement)
- Non (exonéré) → pas concerné pour le B2B
- Facturez-vous des tiers autres que particuliers ?
- Mutuelles, assurances → B2B, Factur-X obligatoire
- CPAM uniquement → e-reporting uniquement
- Entreprises, cliniques, EHPAD → B2B, Factur-X obligatoire
- Avez-vous des dépassements tarifaires ?
- Oui → B2B si facturés à un tiers assujettu
- Non → uniquement e-reporting CPAM
Action : listez vos 3-5 types de facturation principaux et classez-les B2B ou B2C.
Étape 2 : Choisir un logiciel compatible
Votre logiciel de caisse ou de gestion de cabinet doit supporter :
- Génération Factur-X (profil EN16931 minimum)
- E-reporting TVA (pour actes CPAM)
- Archivage 10 ans des factures
Logiciels compatibles (non-exhaustif) :
- OrgaVision : module santé natif, génération Factur-X automatique, support NGAP/e-reporting
- MédiFile, Doctolib Pro : intégrations prévues
- Axiopro : support progressive
- Adecom-Data : compatible pour cabinet médical
Étape 3 : Mettre à jour vos données clients
Pour générer du Factur-X valide, vous devez avoir :
- SIRET de chaque client professionnel
- Nom juridique exact
- Adresse complète
- Numéro de TVA (si applicable)
Passez en revue vos tiers facturés et complétez les données manquantes dès maintenant.
Étape 4 : Former votre équipe
Vos assistantes, secrétaires médicales, ou collaborateurs doivent comprendre :
- La différence entre facturation CPAM (e-reporting) et facturation B2B (Factur-X)
- Où cocher ou sélectionner “Factur-X” dans votre logiciel
- Quand exporter/envoyer une facture électronique
Temps estimé : 30 minutes de formation par personne.
Étape 5 : Tester avant septembre 2027
3-4 mois avant la deadline (mai-juin 2027) :
- Générez quelques factures Factur-X de test
- Vérifiez qu’elles s’ouvrent correctement (PDF + XML)
- Testez la transmission à vos mutuelles/assurances partenaires
- Identifiez les problèmes avant la deadline obligatoire
OrgaVision pour les professions de santé
OrgaVision intègre un module santé libérale complet, spécialement conçu pour les infirmiers, kinés, ostéopathes et autres professionnels de santé.
Fonctionnalités principales
Gestion des patients/contacts
- CRM transversal avec type “patient” spécialisé
- Historique d’actes et de facturation
- Fiches contact enrichies (antécédents, notes cliniques si intégration EMR)
Facturation NGAP et actes privés
- Support natif du code NGAP (nomenclature générale des actes professionnels)
- Génération automatique Factur-X pour actes privés facturés à tiers
- E-reporting TVA intégré pour actes CPAM
Invoices multi-type
- Type
ngap: pour actes nomenclature avec code NGAP - Type
standard: pour consultations privées ou forfaits - Discrimination automatique B2B vs B2C
Archivage légal
- Conservation 10 ans de toutes les factures (PDF + XML)
- Audit trail complet des modifications
- Certification conformité fiscale
Exemple concret : kinésithérapeute
Vous, kinésithérapeute :
- Acte CPAM : Patient remboursé → OrgaVision crée un bulletin de soins + e-reporting automatique
- Dépassement tarifaire : Même patient, frais supplémentaires → Factur-X généré automatiquement et envoyé à la mutuelle
- Bilan de santé entreprise : Facturation directe à une PME pour un bilan collectif → Factur-X obligatoire, OrgaVision le génère
Avantages pour votre cabinet
✅ Conformité garantie : Factur-X valides, e-reporting CPAM géré ✅ Pas de tâche manuelle : génération automatique des factures conformes ✅ Moins de risque pénalité : amende 0€ car tout est au format légal ✅ CRM patient complet : historique, relances, statistiques par acte ✅ Intégration comptabilité : export vers comptable ou logiciel comptable
FAQ : Questions fréquentes des professionnels de santé
Q : Je suis médecin généraliste, je ne vends que des consultations CPAM. Suis-je vraiment concerné ?
R : Dépend. Si vous n’avez aucun dépassement tarifaire et ne facturez jamais d’autres tiers, alors vous n’êtes concerné que par e-reporting TVA CPAM (obligation depuis 2025, généralement gérée par votre éditeur). Mais si vous avez ne serait-ce qu’un dépassement tarifaire ou consultation privée, alors Factur-X obligatoire en septembre 2027.
Q : Je suis kinésithérapeute libéral et j’ai une section CPAM + des actes privés. Comment je fais ?
R : OrgaVision gère les deux automatiquement :
- Actes CPAM → e-reporting TVA simple
- Actes privés facturés à tiers (mutuelle, assurance, entreprise) → Factur-X automatique
Vous cochez simplement « e-reporting » ou « Factur-X » selon le type d’acte. C’est transparent.
Q : Que risque-je si je ne suis pas conforme en septembre 2027 ?
R : Amende de 15€ par facture non-conforme (plafonné à 15 000€/an). Si vous facturez 100 tiers par an, c’est 1 500€. Ajoutez les intérêts de retard et les pénalités, ça monte vite. D’où l’importance de préparer dès maintenant.
Q : Peut-on utiliser le Portail Public de Facturation (PPF) pour les factures B2B de professions santé ?
R : Techniquement oui, mais c’est peu intuitif. Le PPF est plus pensé pour les PME classiques. Un logiciel spécialisé comme OrgaVision génère et stocke les Factur-X automatiquement, c’est beaucoup plus simple. Vous gardez l’accès à la PA en secours, mais n’en avez pas besoin au quotidien.
Q : Comment je sais si un logiciel est compatible pour mon cabinet ?
R : Posez ces questions à votre éditeur :
- “Générez-vous automatiquement du Factur-X en profil EN16931 ?”
- “Supportez-vous la nomenclature NGAP pour les actes santé ?”
- “Quel est le schéma de taxonomie d’actes utilisé ?”
- “Archivez-vous 10 ans ?”
Si la réponse est oui à tous, c’est bon.
Q : E-reporting CPAM et Factur-X, c’est la même chose ?
R : Non. E-reporting TVA CPAM = déclaration administrative à la Sécu pour actes remboursés (B2C). Factur-X = facture électronique structurée pour tiers assujetis (B2B). Deux systèmes distincts. E-reporting existe depuis 2025 (obligatoire), Factur-X l’est depuis septembre 2027 pour professionnels de santé.
Ressources et liens utiles
Pour approfondir vos connaissances :
- Guide complet facturation électronique 2026 : contexte réglementaire général
- Format Factur-X expliqué : détails techniques du format
- Page facturation électronique : solutions OrgaVision
- Portail Public de Facturation (PPF) : plateforme gratuite (alternative à PA)
Prochaines étapes pour votre cabinet
Immédiatement (avant juin 2026)
- Identifiez votre situation : CPAM uniquement ou aussi des tiers ?
- Auditez vos clients : qui est B2B, qui est B2C ?
- Contactez votre éditeur : demandez le support Factur-X
Avant septembre 2026
- Testez la réception : acceptez une facture Factur-X d’un fournisseur pour vérifier votre système
- Mettez à jour SIRET/adresses : des clients professionnels
Avant septembre 2027
- Générez des factures de test : en format Factur-X avec votre logiciel
- Formez votre équipe : 30 minutes de présentation
- Lancez le déploiement : passez à 100% Factur-X dès septembre 2027
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